Плавучий храм "Святитель Николай" начал свою деятельность 12 июля 2000 года. Освящение его прошло на Центральной набережной. Строили его священник Николай Агафонов, тогдашний руководитель миссионерского отдела епархии, и яхтсмен Владимир Корецкий, пронесший с собой через Атлантику икону святителя Николая. Прикреплённая к мачте она впитала в себя соль многих морей.

После освящения плавучую церковь отбуксировали к яхт-клубу "Динамо", где он стоял до ноября 2000 года и осуществлял миссионерскую работу, каждый день принимая сотни паломников с причаливавших к нему судов и прогулочных теплоходов. Затем «Святитель Николай» был отведён в посёлок Октябрьский Калачёвского района, где он стал постоянным местом молитв для воинов 860-го огнемётного батальона. Российские солдаты под руководством офицеров С. П. Пастухова, Е. В. Марчукова, В. В. Игнатовского, А. Ю. Ухова и других оказывали помощь причту в его нуждах. К сожалению, этот храм имеет только класс "Р" (река) и поэтому в отличие от "Святителя Иннокентия", у которого класс "О" (озеро), не может ходить по водохранилищам. Однако свою миссионерскую роль эта плавучая церковь выполняет исправно.

Настоятелем обоих плавучих храмов является в настоящее время священник Геннадий Ханыкин. В посёлке Октябрьский им основана воскресная школа, в которой дети семей офицеров получают азы православия.